GA18 ストライプ変換解析(マニュアル)
Stripe transformation analysis

黒月樹人(本名 田中 毅)@ 黒月解析研究所

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 ストライプ変換解析のねらい

 ストライプ変換解析は、コンター解析や色加味解析の発展型として生まれました。
 コンター解析や色加味解析のしくみをとりいれ、画像の濃淡値に応じて色分けします。
 コンター解析や色加味解析では、色づけのための色は、意図的に設定したものでした。
 このストライプ変換解析では、もとの画像の色を使って、変換色を決めています。
 画像の情報をうまく引き出すため、いろいろな工夫を加えましたので、もとの画像と異なる配色となったものもありますが、基本的には、もとの画像に、濃淡値に応じた縞(ストライプ)を入れるということです。
 ここで使っている対象画像は「海底熱水噴出孔のアーキアに注目する」[3] の蛍光染色をした蛍光顕微鏡画像です。「アーキア」とは「古細菌」のことです。

図1 ゴブリンアートのトップページにおけるストライプ変換解析の入り口
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 ストライプ変換解析のガイドページ

 図1の [ ストライプ変換(ガイド) ] をクリックすると、図2のストライプ変換解析のガイドページへ進みます。

図2 ストライプ変換解析のガイドページ
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 このガイドページのA) 〜 E) のサンプル画像をクリックすると、下に表記されている条件のもとでの、本解析ページ(メインページ)の画像へと進みます。

 ストライプ変換解析のメインページ

 ストライプ変換解析の(メインページにおける)スイッチを、(横に並べて)図3に示します。
 ストライプ変換解析の、ブランチ項目はStepStripe Modeの2つです。

図3 ストライプ変換解析のスイッチ

 Stepでは、解析画像におるストライプの幅を指定します。Step2は、濃淡値で2つのセットとなっています。もとの画像とストライプの画像が、濃淡値幅2の中に入ります。これが限界の分解能となります。色加味256解析の分解能と同じです。
 しかし、画像の拡大率によっては、あまりに分解能が高すぎても、かえって、よく分からない、ということがありますので、低い分解能の、Step4, Step6, Step8が用意してあります。
 Stripe Modeで、ストライプ変換解析の、いろいろなモードを選びます。
 ただし、最初にある [none] では、何も解析しない、もとの画像を示します。
 [ zebra ] は、実は、もとの画像の「(3色の)反転」です。
 図10の [ marble ] も反転系ですが、少し工夫してあります。
 図6の [ candy ] では、ベースの色が変わります。
 図12の [ ash ] では、ストライプの色が灰色です。
 図13の [ pearl ] では、もとの色とは微妙に異なる配色となります。
 これらの図6と図12と図13を「基本系」と呼ぶことにします。
 のこりは、この「基本系」と「反転系」とのハイブリッドです。
 図7 [ emu] と図8 [ wine ] と図9 [ sky ] と図11 [ jam ] では、明るい部分でのストライプを消さないようにしながら、やや暗い部分のストライプを見やすくしています。
 ここでの対象画像では、背景が暗かったので、このような印象となりますが、背景が明るい画像だと、ハイブリッド系より基本系のほうが見やすいようです。

図4 none (step8)
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図5 zebra (step8)
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図6 candy (step4)
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図7 emu (step2)
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図8 wine (step8)
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図9 sky(step4)
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図10 marble (step8)
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図11 jam (step6)
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図12 ash (step8)
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図13 pearl (step8)
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 (Written by KLOTSUKI Kinohito, September 18, 2017)

 参照資料

(この解析ページでは[1]と[2]の画像は使っていません)
[1] 「顕微鏡日記」の「アメーバの触手」(2006/09)
 Canon EOS 10D OLYMPUS CHBS Nikon アクロマート20X OLYMPUS WHK8Xで拡大
[2] 蛍光顕微鏡による全菌数測定
[3] 海底熱水噴出孔のアーキアに注目する
東京大学海洋アライアンス
南マリアナ熱水活動域で得られた試料中の微生物細胞の蛍光顕微鏡写真
微生物細胞は特定の遺伝子配列を認識する蛍光染色法で染色した。
緑色がアーキア細胞で赤色がバクテリア細胞を示す。写真の横幅は約100μm。

 

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